Untuk mewujudkan tata kelola yang baik dan transparan serta tugas dan fungi setiap sendi-sendi dalam organisasi maka perlu dibuat suatu bentuk struktur organisasi yang jelas. Struktur organisasi di AMIK Mitra Gama adalah :
Struktur Organisasi di AMIK Mitra Gama dipimpin oleh seorang Direktur dan didalam pelaksanaan tugasnya Direktur dibantu oleh dua orang Wakil Direktur yaitu: 1) Wakil Direktur Bidang Akademik dan Kemahasiswaan. dan 2) Wakil Direktur Bidang Umum dan Kerjasama. Dalam kegiatan aktivitas administrasi dan rumah tangga terintegrasi dengan kebijakan dari akademik. Untuk sarana perkuliahan serta kebersihan lingkungan kampus dilakukan oleh petugas yang ditunjuk oleh akademik. Kegiatan praktikum di laboratorium komputer dikoordinir oleh dosen yang ditunjuk oleh Direktur dan di koordinasikan ke Wakil Direktur Bidang Akademik dan Kemahasiswaan.